1923年3月1日，孙中山在广州组成称为大元帅府的政府。

由于陈炯明被滇军逐出广州，孙中山于2月21日从上海返回广州。鉴于目前正采取联合北方的段祺瑞、张作霖和西南各省的都督共同打倒曹锟、吴佩孚，考虑到如果恢复非常大总统职位，一定会受到他们的反对，于是孙中山改任大元帅职。3月1日，中华民国陆海军大元帅大本营正式成立。孙中山任命廖仲恺为财政部长、谭延恺为内务部长、伍朝枢为外交部长、程潜为军政部长、邓泽如为建设部长、朱培德为拱卫军总司令、杨庶堪为大本营秘书长。
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大元帅府成立后，对军队重新作了部署。陆军分东、西两路，海军舰艇归属中央直辖军。

孙中山在苏联政府委派代表鲍罗廷的具体帮助下，加快了国民党改组的步伐。